训练大体分为两类，新火枪兵仍然从基本的火枪射击和三段连射开始练习，而老火枪兵则开始进行突击、冲锋、包抄、与火炮、骑兵、长枪兵协同作战等练习。
虽然在此之前，商家军和清军作战中取得了很大的战果，但基本的作战方式都是先守住城池，在守城战中消耗敌军的兵力和士气，然而寻找机会，给敌军发动致命一击。即使是有小规模的野战，也是先排好阵式，等敌军攻上来，本质上和守城没什么两样。完全属于防守反击型的战术。
当然在面对强敌的时候，防守反击确实是一种合理而有郊的战术，但商毅考虑到，这一次南下，面对的可不是战斗力出众的清军，而是相对实力差得多的农民军，因此在南下以后的战斗，不会全是守城战了，野战，白刃战、攻坚战、遭遇战都会遇到，对商家军来说，将会是一次转型之战。那么在现在就要本着以实战为目标的原则，进行有针对性的训练中。
因此在训练中商毅一方面着重增加了拼刺刀的白刃战训练，另一方面也重点加强在遭遇战时，通过挖战壕，利用布袋盛土等方式，快速建立简易阵地的训练。对于以火枪为主要战斗武器的商家军来说，熟悉战壕作战技术，也是由为重要的。
同时还要考虑到南方的炎热、和多雨的气候特点，商毅也加强了士兵在高温情况下行军作战，在大雨中行军作战的训练。现在以经是五月中旬，基本以经进入全年最热的时候，虽然是在小冰河时期，这一段时间的气温依然会达到三十度以上，由其是在正午的时候，太阳也非常毒辣，但却成为商家军雷打不动的固定训练时间，而只要是遇到下雨的天气，都是商家军的重点训练的日子。
不过现在军队训练的俱体事情以经不用商毅再操心了，因为商家军里以经有了一批合格的中层指挥官，商毅只需做好训练计划，然后交给其他各团的团长、独立营营长，由他们根据自已的计划，自行安排每天的训练项目就行了。而唐镇的工作是付责組织和协调大规模模拟实力训练和各兵种的协调配合作战训练。商毅只是不定期的进行抽查和检验。
不过商毅打算在自己出发之前，写好一本［步军操典］的手册，交给留守的唐镇，以后对士兵的训练，就全部按照［步军操典］的要求来，也就不用商毅时时刻刻盯着了。
同时，商毅还给全军设计制定了统一的服装和军旗。
其实各代的军队都有自已的军服和军旗，明朝的军服除盔甲之外，一般都是鸳鸯战袄。而军旗除了主将的姓氏之外，一般都会使用猛兽的图案标志。
不过商家军从来就没有穿过鸳鸯战袄，一方面是来不及制做，另一方面也是商毅不想将鸳鸯战袄作为自己军队的统一服装。全部采用绿色棉布制作，对襟、短掛、窄袖，带肩章，小腿用白布打绑腿，穿多耳麻鞋的军服，并加上一顶八愣带沿的军帽，正中还镶着一颗五角红星。完全就是仿造后世共和国军队的野战军服。而军旗也是釆用五角星为主图案，再铺以其他的猛兽图案标志
其实军服和军旗是什么形式，这本身并没有什么太多的意义，反正把盔甲一套，就全都遮住了，而且商家军的将领和士兵大都是农民出身，也没穿过鸳鸯战袄，因此众将看了商毅设计的军服和军旗样版时，都没有什么异议，相反对红五角星标志觉得十分新鲜。
其实将商家军的军服和军旗设计成这种样式，这完全都是出于商毅的怀旧情节，谁让他是特种兵出身呢？对于绿军服、红五星有着一种特殊感情，在估计不大可能回到自己原来那个时空的情况下，只能以这种方式来记念自己以前的生活。
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